Lister les règles avec un numéro de ligne :
iptables -L INPUT -n --line-numbers

Supprimer une ligne particulière (avec le numéro de la colonne de gauche) :
iptables -D INPUT numeroDeLaLigneASupprimer

Source: http://nicolasolivero.wordpress.com/2010/01/24/supprimer-une-regle-iptables/